SMA Negeri 6 Yogyakarta melakukan perubahahn managemen sekolah dengan melakukan pemilihan wakil kepala sekolah untuk periode 2020/2021 sampai 2023/2024. Pemilihan wakil kepala sekolah menggunakan dua tahap, yaitu :

Tahap 1. Penjaringan dengan google form pada tanggal 08 - 11 Mei 2020 , dengan kriteria semua guru PNS yang sudah mengabdi di SMA Negeri 6 Yogyakarta lebih dari 5 tahun dan masa pensiun kurang dari 3 tahun bisa dipilih dala tahap ini. Dalam tahap ini diambil 8 besar, yaitu :

1. Andriyani Triwulandari S.Pd,M.Pd
2. Dra. Reni Triestieni
3. Drs. Ahmad fatoni,M.Si
4. Drs Gigih Kuncara
5. Dwi Ariani Astuti, S.Pd,M.Pd
6. Eko Sunaryo, S.Pd,M.Pd.I
7. Ngadinem, S.Pd
8. Purwanti Susilastuti,S.Pd,M.Pd

Tahap 2. dilakakukan pemilihan langsung oleh guru yang dilakukan oleh semua guru SMA Negeri 6 Yogakarta di Aula Wijaya Bhakti pada hari Rabu, 13 Mei 2020 dan dipilih 4 wakil kepala sekolah, yaitu :

1. Andriyani Triwulandari S.Pd,M.Pd
2. Drs. Ahmad fatoni,M.Si
3. Eko Sunaryo, S.Pd,M.Pd.I
4. Ngadinem, S.Pd

Dan selanjutnya untuk penempatan wakil kepala sekolah akan dilakukan oleh ibu kepala sekolah